orecale数据库（orecol数据库）



通常需要使用到各种不同的蛋白质生信分析工具或网站，它们不仅可以帮助我们进一步理解蛋白质的结构和功能，生成的图片很多也可以直接放在毕业论文和发表文章中，符合实际的需要，以下我们整理了一些可能会用到的数据库网站。

1、PDB（Protein data bank）是一个包含大量蛋白质、DNA 和 RNA结构数据的综合性资源库，其开放获取的门户网站RCSB.org目前提供了来自PDB数据库通过X晶体衍射，核磁共振和冷冻电镜等实验手段确定的3D结构和来源于AlphaFold数据库和ModelArchive的计算结构模型（CSM）。该网站常用于下载蛋白质的pdb文件，查看其三维结构。网址：https://www.rcsb.org/

2、Uniprot是一个较为全面的蛋白质序列和功能信息资源库，由UniProt KB、Proteomes、和UniPac四部分组成。其中经常用到的UniProt KB包括和TrEMBL，分别代表手工注释和机器自动注释的。该网站可以通过关键词搜索特定蛋白，查看蛋白的序列、功能描述、亚细胞定位、三维结构等，也可以基于BLAST比对的方式进行基因组的蛋白注释。网址：https://www.uniprot.org/

3、是瑞士一个集成了超过160项蛋白质组学、基因组学数据库或软件工具的综合分析平台，功能强大多样。比如它既可以检索蛋白（Uniprot/Swiss-Prot）、脂质（SwissLipids）、基因表达模式（Bgee）等信息，也可用于翻译核酸序列（Translate），进行同源建模（Swiss-Model），识别和绘制蛋白互作网络（String），辅助药物设计（SwissDrugDesign）等。网址：https://www.expasy.org/

4、DTU Health Tech的生物信息学服务（Bioinformatic Services）提供了基因检索和剪接位点（Gene finding and splice sites）、基因组流行病学（Genomic epidemiology）、免疫学特征（Immunological features）、蛋白质的翻译后修饰（Post-translational modifications of proteins）蛋白质功能和结构（Protein function and structure）、蛋白质分选（Protein sorting）以及其它类型的生物信息学分析工具。其蛋白质领域的TMHMM、SignalP等都受到广泛使用。网址：https://services.healthtech.dtu.dk/

5、CDD 数据库是由NCBI提供的保守结构域蛋白鉴定资源库，由大量已注释结构域和全长蛋白多序列比对模型组成，是蛋白质结构域分析最常用的工具之一。其检索工具CD-Search和Batch CD-Search分别适用于单个蛋白和多蛋白的结构域注释，SPARCLE可通过亚家族结构域对蛋白质进行功能分类 ，CDART可查找含有相同结构域的蛋白质。网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml

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