nrm安装（nrm安装成功但是不是内外命令）



在使用R语言进行数据分析时，少不了使用各种R包。R包是R语言开发者为了开展特定项目而设计的，我们在R语言中使用R包，可以实现多种分析能力。比如ggplot2包，可以赋予我们做各种图的能力；dplyr包，可以优雅地处理dataframe；limma包，允许我们分析芯片数据。那么R包你会使用吗？这里介绍3种常用的R包安装方式：

• install.packages('包的名称')

  这种是最常用的R包安装方式

• BiocManager::install('包的名称')

            主要是一些bioconductor包的安装

• devtools::install('包的名称')

  安装一些在github上发布的包

最近在做SNP位点注释时，需要一个R包，名字是：BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19。 那么这个BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19采用何种方式安装呢？我推测是BiocManager::install的方式，但也不确定，于是就去搜了一下：

由此可见是一个bioconductor包，那么就可以使用BiocManager::install的方式进行安装。

最方便的当然是在线安装：

BiocManager::install("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19")

居然有650M，我放弃了在线安装，选择离线安装。

这个包的下载地址，在线安装时，已经给出URL：https://bioconductor.org/packages/3.9/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz，那么我只需要根据这个地址，下载对应版本的BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19包即可。

下载完成后进行离线安装

install.packages("D:/Rsubread/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

至此就完成了一个R包的安装。

• 如果安装过程中提示有依赖其他包，那么就安装对应版本的依赖包。
• 如果显示R包的版本信息不对，那么就找和你R 版本兼容包。

离线安装一个最大弊端是需要自己解决R包版本的问题，因为你在官方网站上下载的R包，往往是最新的R包，可能和你本地R不兼容；离线安装优点则是，不依赖于安装时的网络环境。

讲解一个实例，比如之前开发的一个进行TCGA数据分析的R包：当你得到这个R包，进行初次安装时，是这样的

install.packages("D:/Rsubread/TCGA1.4.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

可能会出现这样的问题：

ERROR: dependencies 'Cairo', 'survminer' are not available for package 'TCGA'* removing 'D:/Program Files/R/R-3.6.1/library/TCGA'Warning in install.packages : installation of package ‘C:/Users/dongl/Desktop/TCGA_0.21.3.tar.gz’ had non-zero exit status

缺少依赖包，安装对应的依赖包：'Cairo', 'survminer'

#一步步来安装install.package('Cairo')install.package('survminer')

如果还有其他依赖包需要安装，就像上边一样，逐步安装好各个依赖包。接下来就可以顺利安装TCGA包啦

install.packages("C:/Users/dongl/Desktop/TCGA_0.21.3.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
 building package indices installing vignettes testing if installed package can be loaded from temporary location* arch - i386* arch - x64 testing if installed package can be loaded from final location* arch - i386* arch - x64 testing if installed package keeps a record of temporary installation path* DONE (TCGA)Making 'packages.html' ... 好了
#加载包library(TCGA)Registered S3 method overwritten by 'enrichplot': method from fortify.enrichResult DOSE
#查看说明文档vignette("TCGA")

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