CBOL已启动原生生物工作组 (ProWG)，以确定所有原生生物谱系的条形码区域并建立参考DNA条形码库。CBOL ProWG为原生生物引入了两步流程：第一，用于初步鉴定的通用预条形码；第二，应用群体特定条形码进行种水平识别。18S rRNA基因的高变V4区被提议作为通用的真核生物预条形码，而类群特定条形码则为每个重要的原生生物谱系单独定义。到目前为止，ITS、COI、rbcL、18S rRNA基因、28S rRNA基因区域已被提议作为原生生物DNA条形码。ITS是真菌的通用条形码，对纤毛虫、甲藻类和卵菌也有很强的区分能力。线粒体 COI 是动物的通用条形码，也是其他生物的默认条形码，在原生生物中也得到了积极的验证。18S 核糖体RNA基因的高变区V4和V9是了解硅藻、甲藻和纤毛虫多样性和系统发育关系的有前途的条形码。rRNA基因大亚基 5′ 端的D1-D2和/或D2-D3区域可作为许多原生生物谱系（如硅藻、纤毛虫和甲藻）的潜在条形码。一些群体特异性条形码（如 rbcL 和剪接前导RNA基因）也分别用于光合原生生物和锥虫。
目前正在开发用于动物、植物和真菌的大型 DNA 条形码公共参考库，但还没有用于纤毛虫物种鉴定的通用条形码。用于纤毛虫识别的条形码有：（1）线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因（COI基因）；（2） 小亚基（SSU）rRNA的高变区，如V4和V9区等；（3） ITS区；（4） rRNA基因大亚基（LSU）的D1-D2区和（5）组蛋白H4。
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