原CPU队列名称变更为centos队列,登录节点名称变更为oldlogin,如果需要在原CPU队列(centos系统)提交作业,请至oldlogin登录节点提交作业,并将脚本内指定队列名称更换为centos。
centos队列大约将于12月12日正式下线,请用户尽快适配自己的应用至新CPU队列(KOS系统)。在新CPU队列(KOS系统)上编译应用请参考下文的编译应用内容。
Pi集群原先采用的是CentOS 7操作系统,该系统版本将于2024年6月底停止维护,这将使得Pi集群超算系统面临安全隐患,为应对 CentOS 7即将全面停服带来的安全风险,我们将Pi集群计算节点的操作系统从CentOS 7替换为浪潮信息的国产KOS系统。
KOS系统是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统,支持x86、ARM等主流架构处理器,性能和稳定性居于行业领先地位,具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力,可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。
下文将介绍如何在Pi集群上使用新CPU队列(KOS系统)节点,已部署的应用列表,应用测试结果对比,应用的使用文档,以及如何自行编译应用。
slurm脚本
srun交互式作业
可以通过module avail查询新CPU队列(KOS系统)上已部署的编译器,应用等
新CPU队列(KOS系统)modulefile路径:
根据多个常用的科学应用测试结果来看,在计算速度上KOS系统与CentOS7系统基本保持一致。 其中hpl计算单位为Gflops,数值越大计算速度越快,gromacs计算单位为ns/day,数值越大计算速度越快,其余应用计算单位为计算时间(h:m:s),数值越小计算速度越快。
下面介绍上述应用使用的计算算例,应用使用文档可点击应用名称查看原Pi2.0集群的CPU队列使用文档。注意需要将作业脚本中的队列名称改为kos,应用的调用模块需要改为kos队列中的模块名。
HPL.dat
gromacs选择的测试算例为gromacs提供的benchmark水分子算例,本文选取的为0768水分子算例。
获取算例:
lammps选择的测试算例为lammps官方benchmark算例:in.lj
输入文件内容
cp2k选择的测试算例为官方benchmark中的H2O-64.inp算例
算例获取:
quantum-espresso选择的测试算例为官方提供的test—cases中的small算例:ausurf.in
算例获取:
openfoam测试算例选择的是simpleFoam求解器计算摩托车外流场motorBike算例
算例获取:
wrf测试算例选择的是模拟2016年10月06日00点至2016年10月08日0点的气象数据
算例获取:
bwa选择的测试算例是B17NC_R1.fastq
算例获取:
relion选择的测试算例为人类去铁铁蛋白(apoferritin)电镜图像数据集,总计 32933 张图像,数据量 8.1 GB
算例获取:
因为系统版本升级,用户原有编译软件需要重新编译才能使用,编译方式和原先系统流程基本一致,根据需要使用的编译器调用对应模块即可,下面以fftw为例,介绍如何在新CPU队列(KOS系统)上使用gcc和intel两种编译器编译软件。
到此这篇配置中心有哪些组成(配置中心有哪些组成的)的文章就介绍到这了,更多相关内容请继续浏览下面的相关推荐文章,希望大家都能在编程的领域有一番成就!
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