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ped文件怎么打开(ped格式的文件怎么打开)



生物学习路的开始阶段,需要了解记录基因的相关文件,文件不了解,基因分析完全做不了,开始学习基因文件。

基因文件形式主要分类两大类:

  1. ped + map
  2. bed + bim + fam

第一组:

        在第一组文件中,做基因分析主要用ped文件即可,其中包含了每个个体、个体亲本、表现型、基因型在内的所有信息,map包含了ped中基因型的所有位置信息,该组数据方便人的阅读,但是在机器分析中运算速度低,不便于计算机使用。

        ped(pedigree)文件 

FIDIIDPIDMIDSexPrs1rs2rsCTAGAACCAA

AC

Family IDIndividual IDPaternal IDMaternal IDSexPhenotypeGenotypes......家族ID个人ID父亲ID母亲ID性别表型基因型

        map文件

chrsnp identifiermorgansbp units染色体snp标识基因距离碱基距离1rsrs

第二组:

        该组文件主要是用于数据处理,bed文件是最大的文件,包含了最全的信息,计算机处理该文件速度较快,常用该组数据对基因数据进行分析。

        bed文件:二进制文件,打开看不懂。

        bim文件:

chrsnp identifier摩尔距离物理距离次要等位基因主要等位基因1rs1 010000c2rsGA

        fam(family)文件:包括了家庭信息文件

FIDIIDPIDMIDSexP家族ID个人ID父亲ID母亲ID性别表型        002

文件转换:

 

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