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nststat命令(nbtstat命令)



流场可视化工程dlb-dynamicdr部署日志:阶段五:实验室服务器程序运行

  • 2022-03-03
  • 当前环境:
  • 运行(阶段一:Init部分)
  • 2022-03-04
  • 阶段一(总)
  • MPICH重新部署
  • Parallel_NetCDF 重新生成
  • ParMETIS 重新生成
  • 问题记录:
  • 阶段二(总)

先对Init部分进行测试,该部分主要是对nc文件进行读取以及初始化MPI参数。可以对照之前的读代码日志进行分析推进。

整理好数据,配置文件如下:

运行,可以正确输出打印信息:

初始报错信息如下:

步步推进打印调试信息发现出错的位置是load_time_interval()函数中条件分支语句错误,文件名是nek而错写为nek5000,修改判断语句的字符串后继续run,报错如下:

说明没有读取到NetCDF文件,出现错误的位点应该在:

重新运行如下:

又开始报这个错误,说明文件读取是成功的?继续尝试打印寻找错误位点:发现问题还是在读取函数中:blocking_read_nek5000()函数,进入进行查看。定位BIL_Add_block_nc()函数执行正常,那么出错的函数一定是BIL_Read()函数。如果还是这个出错,那么就有理由怀疑还是没有读取到数据文件,或者数据文件出错“invalid info object”。

这里想到一个问题,是否是因为没有安装正确版本的MPI导致这些报错?尝试安装指定版本的MPICH3.1.3

MPICH重新部署

步骤如下:

成功编译安装

在.bashrc中添加环境变量:

source使其生效

对MPI完成编译之后还要对使用MPI编译的库进行重新生成:

Parallel_NetCDF 重新生成

仅给出目标根目录如下,不再进行详细过程阐述,记得修改.bashrc:

ParMETIS 重新生成

仅给出目标根目录如下,不再进行详细过程阐述,记得修改.bashrc,记得要安装静态库和动态库共两次!:

make

问题记录:

目前重装MPICH之后发现CMake的gcc被重新定向到了gcc 4.1.2 的老版本?!导致C++11 标准不可用,重新编译失败。具体为何不清楚,目前解决方案是可否重新安装一次CMake。

实际不用,发现问题如下:

上一次在指定GCC的时候添加了环境变量CC与CXX,但这次重新开机后CC和CXX变量不知为何消失了,只需在环境变量中加入如下即可:

重新编译发现监测到的GNU版本恢复正常:

使用MPICH版本仍然报错,如下:

很多关于ompi的参数找不到,看来只能使用OpenMPI进行编译,但这个与之前在绵阳超算上部署的版本不符(之前使用的是MPICH)

接以上,定位到问题点BIL_Read()函数。

进一步定位到BIL_Pio_read_raw_blocks(),在bil_pio.c文件中。

进一步定位到MPI_File_open(),在bil_pio.c文件中。

发现没有进入BIL_Pio_read_raw_blocks()函数,而应该进入了BIL_Pio_read_nc_blocks()函数,重新定位错误到此。

到此这篇nststat命令(nbtstat命令)的文章就介绍到这了,更多相关内容请继续浏览下面的相关推荐文章,希望大家都能在编程的领域有一番成就!

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